پس از اتفاقات قسمت اول و خنثی شدن تلاش‌های نافرجام «اوت‌ورلد» (Outworld) برای تقلب در مسابقات، اکنون قهرمانان «ارث‌رلم» (Earthrealm) باید بدون هیچ بهانه‌ای در تورنمنت رسمی و مرگبار مورتال کامبت رقابت کنند. قوانین این مسابقات ساده اما بی‌رحمانه است؛ اگر آن‌ها شکست بخورند، امپراتور ظالم و ترسناک اوت‌ورلد، یعنی «شائو کان»، زمین را به صورت کامل تسخیر خواهد کرد. در این وضعیت بحرانی، مبارزانی چون «کول یانگ»، «سونیا بلید» و «جکس» برای تقویت تیم خود به سراغ «جانی کیج» می‌روند. جانی یک ستاره‌ی مغرور فیلم‌های اکشن هالیوودی است که ابتدا همه چیز را شوخی می‌گیرد، اما خیلی زود متوجه می‌شود این یک جنگ واقعی برای بقای بشریت است. با ورود شاهزاده «کیتانا» و جادوگر خبیثی چون «کوان چی»، مسابقات ابعاد پیچیده‌ای به خود می‌گیرد. اوضاع زمانی وحشتناک‌تر می‌شود که مبارز یخی شکست‌خورده یعنی «بی-هان» (ساب‌زیرو سابق) در قالبی تاریک‌تر و شیطانی‌تر به نام «نوب سایبات» به میدان نبرد بازمی‌گردد تا انتقام بگیرد…