«مردان ایکس» در سال 2000، آغازگر دنیای جهش‌یافته‌هاست. «ولورین» و «روگ»، دو جهش‌یافته‌ی جدید، به گروه «پروفسور خاویر» می‌پیوندند که به دنبال همزیستی مسالمت‌آمیز با انسان‌ها هستند. آن‌ها باید با «مگنیتو» و گروهش مقابله کنند که قصد دارند با استفاده از یک ماشین، انسان‌ها را به جهش‌یافته تبدیل کرده و بر جهان مسلط شوند.
